Le critiche a Biagi arrivarono in seguito a un'intervista a Roberto Benigni mandata in onda pochi giorni prima delle elezioni del 13 maggio del 2001, nella quale il premio Oscar ironizzava chiaramente su Silvio Berlusconi.

La storia: il folletto toscano impazza a "Il fatto" di Enzo Biagi: "Berlusconi vuol essere sempre il protagonista. Al matrimonio vuol essere lo sposo, al funerale..." Roberto Benigni, protagonista de "Il fatto" di Enzo Biagi ha giocato con la politica e le elezioni, sentenziando che il parlamento "senza D'Alema è come la pizza senza mozzarella e D'Alema che non vince a Gallipoli è come Giovanni Paolo II che non trionfa nel collegio del Vaticano".

Barcamenandosi fra Bossi, il libero arbitrio, il conflitto d'interessi, Gesù e gli apostoli, Emanuele Kant e il cielo stellato, Benigni ha calcato la mano soprattutto sul "Cavaliere" che ha inviato il libro-menù che spiega al pubblico-bambino quant'è stato grande lui che ha cominciato da zero ed è arrivato tanto in alto con tutta la sua vita in sequenza e progressioni, mogli comprese. Poi, cercando un briciolo di serietà nella sua maschera da eterno clown Benigni si è augurato che, col libero arbitrio che è concesso a chi vota, noi italiani riusciamo a scegliere la persona più onesta da tramandare ai nostri figli. Siamo in campagna elettorale non voglio parlare di politica. Sono qui per parlare di Berlusconi. Quindi mi voglio tenere più lontano possibile dalla politica...''. ''Voglio essere equidistante: Berlusconi non mi piace, Rutelli sì...''. ''Non voglio parlare di politica - insiste il comico toscano - parliamo di Berlusconi. E' un momento della vita politica italiane e della campagna elettorale dove accadono cose eccezionali. Cose che non si sono mai viste: il Papa che è stato per la prima volta in una moschea, bambini geneticamente modificati, Berlusconi probabile

presidente del Consiglio... Cose innaturali. Insomma accadono stravolgimento che fanno pensare che è un momento eccezionale''. Benigni ironizza anche su Montezemolo (''lui ministro dello Sport e magari anche Schumacher ministro dei Trasporti'') e su D'Alema (''se non vince lui a Gallipoli e come se non vincesse il Papa nel collegio del Vaticano...'').

Immediate le reazioni da parte del centro destra: "Il fatto di Biagi è sempre più 'L'insulto'. Stasera è toccato a un vergognoso comizio di Benigni come commentatore politico e vergognoso è stato anche il comportamento di Longhi che ha pensato bene di far lanciare questo spot antiberlusconiano dal Tg1. Ormai la Rai al servizio dell'Ulivo non sa più cosa inventarsi per fare campagna elettorale per il centrosinistra". Così i senatori di Alleanza Nazionale, Franco Pontone, Riccardo De Corato e Salvatore Ragno, componenti della commissione di vigilanza Rai, commentano il comizio di Roberto Benigni al Tg1 e a 'Il fatto'.

Divenuto Presidente del Consiglio, Berlusconi rincara la dose: “Santoro, Biagi e Luttazzi, hanno fatto un uso della televisione pubblica, pagata con i soldi di tutti, criminoso. Credo sia un preciso dovere della nuova dirigenza Rai di non permettere più che questo avvenga”.

Duro il commento di Enzo Biagi: "Questa potrebbe essere l'ultima puntata di "Il Fatto", dopo 814 trasmissioni, ma non tocca a lei Berlusconi licenziarmi. Eventualmente è meglio essere cacciati per aver detto qualche verità, che restare a prezzo di certi patteggiamenti", ha affermato. E ancora: "Signor presidente Berlusconi dia disposizione di procedere, perchè la mia età e il senso di rispetto che ho per me stesso, mi vietano di adeguarmi ai suoi desideri. Sono ancora convinto che in questa nostra Repubblica ci sia spazio per la libertà di stampa. E ci sia perfino in questa azienda che, essendo proprio di tutti, come lei dice, vorrà sentire tutte le opinioni. Perchè questo è il principio della democrazia. Sta scritto, dia un'occhiata, nella Costituzione".

Di tutt’altro avviso, ovviamente, il parere dell’opposizione. Piero Fassino."Una inaudita intimidazione - ha commentato il segretario dei Ds Piero Fassino - Parole di volgare arroganza non degne di chi ricopre l'incarico di presidente del Consiglio. Se ancora c'era bisogno di una conferma dei gravi rischi che corre in Italia il pluralismo e la libertà di informazione, ecco la prova".

Massimo D'Alema "Una dichiarazione di ignobile arroganza - ha detto Massimo D'Alema - che dimostra quale concezione egli abbia dello Stato di diritto e della libertà di informazione, indicando al presidente della Rai una lista di proscrizione di professionisti a lui sgraditi, che dovrebbero essere allontanati dall'azienda". "Giornalisti che dovrebbero essere allontanati - ha aggiunto D'Alema - a meno che non accettino di seguire dei canoni per l'informazione che evidentemente il presidente del Consiglio intende diffondere".

Infine un perplesso Giuliano Ferrara "Gli errori politici sono peggio di un crimine, ma con le dichiarazioni selvagge del premier contro le star della tv dell'Ulivo c'è l'abbinata: l'errore e l'abuso di potere''. Inizia così un editoriale critico con il presidente del Consiglio per le sue affermazioni sulla Rai. ''Che Enzo Biagi non ci sia simpatico, si sa", sostiene Il Foglio, aggiungendo però che "nessuna 'attenuante della provocazione' può valere di fronte alla caccia al giornalista ordinata con tono autoritario dal proprietario di Mediaset e presidente del Consiglio, Silvio Berlusconi". Berlusconi, prosegue Ferrara, "secondo noi, e anche su questo abbiamo dato battaglie esplicite, può e deve governare in piena legittimità nonostante il conflitto di interessi, ma non può usare per nessuna ragione toni intimidatori, dal suo posto di capo del governo, contro il servizio pubblico radiotelevisivo''.

La situazione attuale

12 Dicembre 2002

Enzo Biagi lascia definitivamente la Rai. Il giornalista non ha accettato la proposta della direzione generale della Rai di condurre il programma quotidiano di approfondimento "Il fatto" su RaiTre alle 18,53. Biagi lo ha fatto sapere tramite il suo avvocato, Salvatore Trifirò. "Con riferimento alla proposta della Rai - si legge in una nota del legale - di ospitare il programma 'Il fatto' su RaiTre, ho comunicato al direttore dottor Saccà che il dottor Biagi, per motivi personali, ha ritenuto di non accettare la suddetta proposta". A ottobre il direttore di RaiTre, Paolo Ruffini, aveva annunciato che "Il fatto" sarebbe andato in onda su RaiTre e che, dunque, il caso Biagi era stato risolto. Ma lo stesso giorno il consigliere Rai in quota Lega Ettore Albertoni aveva dichiarato: "Ruffini ha sbagliato, il Cda non ha preso alcuna decisione". Ma Ruffini, trovato l'appoggio di Saccà, aveva fissato addirittura un orario per la striscia: 18,53, prima del tg. Ma niente da fare: è lo stesso Biagi a chiudere la trattativa rifiutando l'offerta.